本发明公开了一种基于枣基因组多态性SSR位点的筛选在条形码中的应用，其步骤如下：S1、基于枣基因组搜索SSR位点；S2、对步骤S1搜索到的SSR位点按条件进行初步筛选，保证SSR两端序列在枣基因组中的唯一性；S3、进一步筛选步骤S2得到的SSR位点，保证对应SSR存在多态性；S4、对步骤S3获得的SSR位点进行引物设计及验证；S5、对SSR位点赋值并生成条形码。本发明采用上述的一种基于枣基因组多态性SSR位点的筛选在条形码中的应用，可以更高效、更系统的在基因组中筛选多态性SSR位点，更精准的对不同枣品种进行分类，提高了工作效率，缩短了试验时间。