本发明公开了一种基于eDNA监测河流大型底栖无脊椎动物多样性方法包括以下步骤：步骤一：选择进行测量的河流流域，查询该流域的基本信息；步骤二：eDNA样品的采集和处理：包括采样点位的设计及地理位置、水样的采集和预处理；步骤三：理化指标的测定；步骤四：eDNA的提取、PCR扩增及高通量测序；步骤五：对上述结果进行数据分析：包括生物信息学分析、α多样性分析、β多样性分析以及大型底栖无脊椎动物群落与环境因子相关性分析。通过分析环境中存在的DNA片段，更准确、高效地调查和监测大型底栖无脊椎动物的多样性。

利用eDNA技术检测河流干流及一级支流在不同季节下的大型底栖无脊椎动物生物多样性，同时检测滦河流域各区段的环境因子，进行关联分析。eDNA监测是评估生物多样性和评价生态质量状况的一种有潜力的方法，应用eDNA监测大型底栖无脊椎动物生物多样性提供了新的研究思路和实验依据。通过优化采样方法、引物设计和PCR优化，以及合理解读和分析数据，可以为生物保护、生态环境修复和资源合理利用提供重要的实验依据。此外，将eDNA监测数据与其他生态学数据和环境信息相结合，可以获得更全面的生态信息，促进科学决策和管理措施的制定。