本发明公开了玉米耐旱基因ZmPRX1及其功能性分子标记和应用,所述玉米耐旱基因ZmPRX1的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;所述玉米耐旱基因的特异性扩增上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ IN NO:3所示。本发明提供的数据表明过表达玉米基因ZmPRX1可以显著增加玉米根系长度、总面积、总体积和根干鲜重,从而使过表达植株表现出显著增强的耐旱性;本发明提供的功能性分子标记ZmPRX1‑560具有很高的多态性,使用方法简单,无需对扩增产物的碱基序列进行基因测序,可以有效提高耐旱基因ZmPRX1的检测效率,降低检测成本,检测效果稳定性好,准确度高。